Les préliminaires touchent à leurs fins, il ne reste plus pour les candidats qu’à choisir un nombre qui définira leur place dans la 3ème épreuve qui n’est d’autre qu’un tournoi. Les candidats ont un mois complet pour s’entraîner.

L’entraînement
Naruto veut Kakashi comme professeur, mais celui-ci l’informe qu’il préfère entraîner Sasuke. Kakashi lui a quand même trouver un professeur d’élite : Ebisu Seulement, Naruto ne le supporte pas du tout. L’entraînement commence, mais est de suite interrompu par un pervers qui matte les bains-douches des filles. Ebisu ne supportant pas l’acte de ce pervers, le rappelle à l’ordre. Mais celui ci le bat en un seul coup. Jiraya est là.
Naruto n’est pas satisfait de l’action de Jiraya, et demande à celui-ci de l’entraîner. Après un acharnement sans fin, il accepte. Jiraya est l’un des trois grands Ninja du village, et se rend compte que Naruto est l’enfant où le démon Kyubi est scellé. Il lui impose donc un entraînement pour qu’il puisse contrôler le Chakra de la bête.

La troisième épreuve
Un mois s’écoule, et l’heure de l’épreuve finale a sonné. Tous les participants sont là à l’exception de Dozu et Sasuke. Dozu est mort face à Gaara pendant le mois d’entraînement, et Sasuke s’est enfuit de l’hôpital où il était soigné. Les matchs débutent …

Mais pendant le match Gaara contre Sasuke ...

Que la guerre commence
Un Anbu, qui n’est autre que Kabuto, commence à endormir les spectateurs de l’arène. Kakashi, Gai, et Sakura ne se laissent pas prendre au piège, et font un contre sort.

Le Kazekage, qui était invité au tournoi, enlève le 3ème Hokage, et l’emmène sur le toit. Ils se font enfermer par des Ninja du son dans une prison de Chakra. Une guerre commence à éclater, et Konoha se fait envahir par des Ninja du sable et du son.

Sasuke et Gaara sont toujours face à face, mais des Jounin interviennent pour mettre fin au match. Gaara s’enfuit avec l’aide de Kankuro et Temari. Genma, l’examinateur de cette épreuve final, demande à Sasuke de poursuivre celui-ci.

De son côté, Kakashi demande à Sakura de réveiller Naruto et Shikamaru, et de ramener Sasuke. Il invoque un petit chien, du nom de Pakkun, qui les aidera à retrouver celui-ci grâce à son flair. Sakura réveille donc Naruto, mais s’aperçoit que Shikamaru faisait juste semblant d’être endormi. Ils partent donc tous à la rencontre de Sasuke.

Sur le toit, le Kazekage se dévoile. C’est Orochimaru qui a pris la place de celui-ci. Un combat de haut niveau Ninja commence, mais Orochimaru étant l’ancien élève, le 3ème Hokage ne se donne pas à fond. Il repense au petit Orochimaru, mais finalement, prend la décision d’en finir avec celui-ci. Il fait appel à La Mort, et commence l’absorption de l’âme d’Orochimaru.

Sasuke, après plusieurs pièges posés par l’équipe de Gaara, se retrouve face à lui. Gaara n’a plus l’air humain, et entame sa transformation de Shukaku, démon du sable. Sasuke prend l’avantage plusieurs fois, mais est vite dépassé par les multiples transformations de Gaara. Il décide de lancer une ultime attaque, mais celle-ci réveille le sceau maudit. Il perd donc le contrôle de son corps. Naruto arrive à ce moment là pour arrêter Gaara qui allait le tuer. Naruto essaye de prendre la relève, mais est complètement mort de trouille face à Gaara. Mais alors que celui ci s’attaque à Sakura, il sent la puissance monter en lui, et fait exploser son Chakra. Il attaque alors Gaara qui se retrouve en difficulté. Gaara ne supportant pas de perdre face à Naruto, prend la vraie forme du Shukaku, un monstre de plus de trente mètres. Naruto fait alors appelle à Gamabunta grâce à la technique que lui a appris Jiraya pendant son entraînement. Un combat entre un démon et une grenouille géante commence. Sasuke est désemparé par la technique de Naruto, et ne peut qu'être spectateur.

Gamabunta passe à l'action, et coupe le bras droit du monstre en une fraction de second avec son katana. Gaara est tout excité par le combat et libère entièrement le Shukaku par une technique d'endormissement "Tanuki Neiri no Jutsu". Celui ci s'engage sans tarder dans le combat. Pour le rendre impuissant, ils ont absolument besoin de réveiller Gaara. Naruto doit donc lui donner un coup pour qu’il reprenne le contrôle du monstre. Seulement voilà, Gamabunta n'arrive pas à saisir le Shukaku pour que Naruto puisse frapper Gaara. Il a alors l'idée de se transformer en quelque chose avec des crocs et des griffes. N'étant pas doué dans ce genre de techniques, il demande à Naruto de faire les signes, et de penser à un animal. Celui ci, pressé par le temps, choisi Kyuubi sans réfléchir. Pakkun, Sasuke et Temari n'en reviennent pas. Gamabunta transformé en renard à neuf queues, continue le combat, et arrive finalement à s'agripper. Naruto s'élance dans les airs, et frappe de toutes ses forces Gaara qui se réveille, et referme le Shukaku en lui. Gaara, énervé que Naruto est libéré sa technique, lance le Tombeau de sable sur lui. Gamabunta enveloppe Naruto avec sa langue pour le protéger de l'attaque. Gaara est encore vaillant, alors que Naruto commence à s'épuiser.

Dans le village, un aigle vole. C'est le signal de Konoha pour dire que femmes et enfants sont à l’abri. La ville est en ruine, les corps gisent au sol, mais maintenant, la contre-attaque peut commencer. L'unité Anbu et les grands Clan de Konoha se battent pour leur village. Ils repoussent peu à peu les assaillants.

Naruto, face à face avec Gaara, se libère du piège de sable en faisant exploser le chakra de Kyuubi. Il s'élance vers Gaara, mais est maintenu au dernier moment par le sable. Seule sa tête est libre, ce qui lui permet de donner un méchant coup de boule. Gaara est complètement sonné, ce qui a pour effet de faire disparaître complètement le Shukaku. Gamabunta sait que le combat est maintenant fini, et laisse Naruto et Gaara de nous face à face. Ils n'ont plus de force, mais lancent leur dernière attaque. Ils se frappent de toutes leurs forces, et tombent sur le sol.

La fin du troisième
Le Hokage n'arrive pas à absorber complètement l'âme de Orochimaru. Il ne veut pas mourir pour rien, et demande donc à la mort de prendre uniquement l'âme des bras. Orochimaru ne peut rien faire, et voit son ancien maître le priver de toutes ses techniques. Sandaïne est désormais prêt à mourir, et verse une dernière larme pour Orochimaru, avant de fermer les yeux pour la dernière fois. Les acolytes d’Orochimaru viennent le chercher, et s'enfuient de Konoha en échappant à l'unité Anbu.

Naruto gît sur le sol avec Gaara. Celui-ci ne comprend pas pourquoi Naruto est si fort, et à peur de mourir face à lui. Mais Naruto ne tarde pas à lui expliquer. Malgré leurs enfances similaires, Naruto a trouvé des personnes qui croient en lui. Il lui explique aussi que s’il ne comprend pas ça, il va être obliger de le tuer. Gaara regarde le ciel, et repense au frère de sa mère qui s'est occupé de lui. Kankuro et Temari arrivent alors, et récupèrent Gaara. Sur le chemin, Gaara leur demande pardon ...

Les Ninja de Konoha constatent la mort du Hokage. Sous la pluie, le lendemain, tout le village s’est habillé de noir pour la cérémonie en son honneur. Chacun a des souvenirs avec celui-ci. Après la cérémonie, le soleil se lève, et les plus courageux partent avec le sourire en pensant: "Merci".

Mais deux personnes arrivent dans le Konoha dévasté. L'une des deux personnes porte le Sharingan...

Tomes 16 à 17
Episodes 81 à 85

Deux personnes, habillées étrangement, assomment un garde et passe la porte de Konoha ... Sur le toit de toit de l'académie, Sasuke repense à sa revanche.

Pendant ce temps, Naruto s’entraîne comme à son habitude dans la forêt. En rentrant, il tombe sur Konohamaru. Celui-ci est face aux visages des Hokage taillés dans la pierre. Il explique à Naruto que le village a subi beaucoup de dégâts, mais que tout le monde, y compris lui, travaille durement pour le remettre en état. Il arrive à un blanc, tout deux à observer la falaise. Konohamaru n'est pas triste, il n’a pas le temps pour ça, il veut faire honneur à son grand père. Il encourage Naruto dans son entraînement et retourne voir ses amis.

Au pays du vent, les ninjas de Suna retrouvent la dépouille du Kazekage. Baki, qui est présent, se rend compte alors de la manipulation d'Orochimaru dans l'attaque de Konoha.

Orochimaru est d'ailleurs mal en point. Après avoir perdu ses bras après son combat contre l'Hokage, il souffre la mort. Kabuto est là pour le rassurer, mais Orochimaru n'accepte pas le discours de celui-ci. La mission, même si le village n'a pas été détruit, a quand même été accomplie. Ils ont pu lui mettre la marque maudite, le Kubiwa. Orochimaru est déçu d'avoir sacrifier autant pour en arriver là. Il aurait aimé que Itachi Uchiwa se joigne à eux pour l'attaque, mais le fait qu'il soit plus fort pose un problème. C'est d'ailleurs pour ça qu'Orochimaru a quitté "l'organisation".

Jiraya observe les jolies filles dans les bains chauds, mais se fait interrompre par les conseillers du précédent Hokage. La situation est critique, et le village a besoin d'un nouvel Hokage. Ils demandent alors à Jiraya de prendre ses responsabilités, en temps que Sanin, et de devenir le Nouveau Hokage. Celui-ci refuse en parlant d'une personne qui serait mieux adaptée pour ce poste ... le troisième Sanin Légendaire. Il demande l'autorisation d'aller chercher cette personne, mais accompagné...

De retour sur le toit de l'académie, Kakashi envoie un message à Sasuke pour un rendez vous. Kakashi l’attend à coté d'un restaurant et croise Asuma et Kureinai. Ils discutent de tout et de rien. Les deux hommes mystérieux sont assis dans le restaurant, et Kakashi l'a bien remarqué. Quand Sasuke arrive, les deux hommes s'enfuient discrètement. Kakashi fait un signe à Kureinai et Asuma pour qu'ils suivent ces personnes. Sasuke, de son côté ne comprend pas trop se qui se passe.

Asuma et Kureinai interceptent les deux personnes sur un pont de Konoha. Ils découvrent, à leurs plus grandes surprises, que les deux hommes sont loin d'être des inconnus. Il s'agit de Itachi Uchiwa, responsable du massacre des Uchiwa, et Kizame Hoshigaki, assassin présumé du Daymo du pays de l'eau et de la chute du pays. Ce sont deux criminels classés S, tout comme Orochimaru au passage, dans le "Livre Bingo". Itachi n'a pas le temps pour un combat, et demande à Asume et Kureinai de l'oublier. Mais c'est impossible vu le type de personne qu'il est. Après un long silence, le combat des quatre Ninja débutent. Asuma combat Kisame au corps à corps, mais ne comprend pas son manque de résistance face à certains coups. Kureinai lance alors sa technique d'illusion, immobilisant Kisame et emprisonnant Itachi dans un tronc d'arbre. Au moment de donner le coup de grâce, elle se retrouve à la place d'Itachi, qui a renversé l'illusion. Elle se libère de celle ci, mais se retrouve propulsée en dehors du pont, dans la rivière. C'est alors qu'une ombre familière interpelle Itachi dans son dos. Asuma continue son combat, mais au moment où il croyait perdre l'avantage, Kisame lance la technique du Dragon Aqueux, utilisée par Zabuza. Mais celle-ci est bloquée au dernier moment par la même technique. Ce n'est autre que Kakashi qui a utilisé le clonage de l'ombre pour venir en aide aux deux ninjas en difficulté. Itachi est surpris de voir Kakashi face à lui ... un sentiment partagé.

Les deux ninjas exilés se retrouvent maintenant face à un groupe de trois Jounin. Itachi prépare sa technique ultime, mais Kakashi réagit au bon moment, et demande à Kureinai et Asuma de fermer les yeux. Seulement voila, Kakashi n'a pas pris conscience que même s'il a le Sharingan, il ne fait pas parti des Uchiwa. Itachi active son Mange-Sharingan ...

"Genjutsu Tsukiyomi"
Kakashi se retrouve attacher à une croix avec Itachi muni d'un Katana en face de lui. Il enfonce plusieurs fois le Katana dans le corps de Kakashi. Le temps passe, et il se voit en plusieurs fois attachées à une croix. Le nombre d’Itachi a aussi augmenté, multipliant le nombre de souffrances.

Kakashi sort de cette état second, et s'écroule. Mais Kakashi les arrête en parlant de leur organisation secrète, l'Akatsuki. Quelques temps plutôt, Jiraya lui en avait parlé. Il pense qu'ils sont venus chercher Sasuke. Itachi lui répond qu'ils sont venus chercher l'héritage du 4ème Hokage. Kakashi comprend tout de suite qu'il s'agit de Naruto. Connaissant leur secret, ils ne peuvent pas laisser ces ninjas de Konoha en vie. Kisame va pour achever le groupe, mais Gaï intervient juste à temps. La situation devient plus compliqué, surtout face à quelqu'un qui a l'habitude de se battre un possesseur du Sharingan (NDLR : Kakashi et Gai se battant en rivaux depuis un sacré bout de temps). Les deux assassins préfèrent prendre la fuite.

Jiraya essaye de convaincre Naruto de l'accompagner dans son voyage, mais celui-ci n'est pas motivé. Il essaye tout ce qui peut motivé un homme, comme de belles filles. Mais Naruto ne réagit que quand celui-ci parle d'une technique plus puissante que le Chidori. Naruto court rassembler ses affaires pour ce préparer au voyage. Peu de temps après, Jiraya et Naruto sont prêts pour l'aventure.

Itachi et Kisame partent à la recherche de Naruto, mais le fait qu'il soit accompagné par Jiraya leur pose problème. Ils doivent d'abord récupérer des forces avant de passer à l'action.

Au village, Sakura a appris que c'est Naruto qui l'a sauvé. Elle décide donc d'apporter un présent à Naruto et Sasuke. Sasuke s'entraîne jour et nuit pour se surpasser. Il ne supporte pas sa défaite face à Gaara, et encore moins que Naruto est réussi à le vaincre.
Après son entraînement, Sasuke passe voir Kakashi, mais surprend la conversation qui a pour sujet Itachi qui recherche…Naruto. Il est comme pétrifié, et part de la pièce les yeux remplis de vengeance. Il court à corps perdu pour retrouver Naruto, mais tombe sur Sakura en arrivant chez lui, mais celle-ci ne le trouve pas. Il part de suite au restaurant de Ramen où il apprend qu'il est parti en voyage avec Jiraya.

Naruto et Jiraya arrivent dans une ville, et décident de faire une pause tourisme. Cela n'intéresse pas Naruto qui préfère aller dans sa chambre d'hôtel à étudier ses techniques. Sasuke arrive enfin dans la ville et recherche Naruto dans tous les hôtels. Il croit les avoir enfin trouvé et frappe à la porte. Naruto se lève pour ouvrir. Sasuke s'aperçoit qu'il ne s'agit pas de Naruto. De son côté, le vrai Naruto se retrouve face à face avec Itachi Uchiwa.

Sasuke toujours à la recherche de Naruto, repense au massacre des Uchiwa.

Plus énervé que jamais, il court à travers la ville..

Naruto tremble de peur, ne comprenant pas bien qui sont les personnes en face de lui. Kisame propose de lui couper une jambe ou un bras pour faciliter le transport de celui-ci. Naruto tétanisé par la peur, ne réagit même pas. C'est à ce moment là que Sasuke arrive. Il a enfin devant lui l'assassin de son clan. Quand Itachi le présente comme son frère à Kisame. Naruto comprend alors que la personne que Sasuke a toujours voulu tuer, n'est d’autre que son frère. Sasuke prépare son assaut avec un "Super" Chidori, si puissant qu'il déchire la peau de son bras. Il fonce sur son frère, mais celui-ci contre l'attaque sans mal. Naruto ne comprend pas comment Itachi a pu arrêter si facilement le Chidori, et concentre son chakra pour venir en aide à Sasuke. Itachi et Kisame réagissent devant le chakra de Kyubi et mettent Sasuke hors course en lui cassant le bras. Naruto prépare la technique d'invocation de Gamabunta, mais Kisame lui absorbe le Chakra avec son épée Samehada. Il décide alors que lui couper un bras pour ne plus être embêté. Mais Jiraya intervient juste à temps.

Après son Show de présentation, Jiraya se retrouve face à face avec Itachi et Kisame. Itachi comprend alors d'où Kakashi tenait les informations sur l'organisation Akatsuki. Sasuke se relève alors, et demande à Naruto et Jiraya de ne pas intervenir pendant son combat.

Sasuke fonce sur son frère, mais celui ci le bat en un coup. Sasuke ne comprend pas pourquoi il est toujours aussi faible par rapport à son frère. Itachi l'enchaîne de coups pour lui prouver sa supériorité. Il lance finalement le Mange-Sharingan pour refaire vivre à Sasuke le massacre des Uchiwa pendant 24 heures. Sasuke tombe inconscient.

Jiraya lance alors une technique qui les enferme dans l’estomac d'un crapaud, avec aucun moyen de sortir. Itachi et Kisame essayent de prendre la fuite, mais Jiraya sait que personne ne peut s'échapper. Pourtant, un grand bruit raisonne. Jiraya et Naruto vont à l'origine du bruit. Itachi et Kisame ont réussi à percer le mur dit indestructible. Des flammes noires entourent le trou. Jiraya n'en revient pas et se dépêche de sceller ses flammes inconnues.

Maintenant échappés, ils annulent le Jutsu et vont récupérer Sasuke qui est tombé dans le coma. C'est alors qu'un adversaire attaque Jiraya avec un gros coup de pied. Il s'avère que ce n'est autre que Gaï qui l'avait pris pour un ennemi. Profitant de la présence de Gaï, il demande à celui-ci de ramener Sasuke à l'hôpital de Konoha. Vu tous les Ninjas blessés, Gaï aurait aimé que la grande guérisseuse soit là. Jiraya explique alors qu'ils étaient justement partis chercher cette personne qui porte le nom de Tsunade...

Tomes 17 à 19
Episodes 86 à 100

Le voyage commence
Naruto et Jiraya quittent Gaï et partent trouver Tsunade. Jiraya explique en chemin pourquoi l'organisation Akatsuki le veut tellement. En effet, ils veulent contrôler la puissance de Kyuubi. Naruto et Jiraya continuent leur chemin en parlant.

Pendant ce temps, Tsunade se retrouve à une table de jeu, et mise un gros paquet d'argent. Les personnes à cette table sourient sarcastiquement car elle est appelée "la légendaire perdante"...

Jiraya explique que même si elle a 50 ans, elle en parait 20. Tout ça grâce à une technique, car elle ne veut pas admettre son âge. Il propose ensuite à Naruto d'aller récolter des informations dans la ville qui se trouve devant eux. Pendant que Naruto dépense petit à petit son argent en nourriture, Jiraya est sensé récolter des informations. Mais Naruto tombe sur celui-ci entouré de filles et d'alcool. Deux personnes viennent chercher des problèmes à Jiraya, il utilise alors une technique extraordinaire. Elle envoie les opposants voler dans un magasin de ballon. Naruto est ébahi, et cette fois, plus question d'attendre pour l'entraînement. Jiraya achète tous les ballons du magasin détruit pour entraîner Naruto.

La première étape
Jiraya et Naruto se mettent à l'écart pour commencer l'entraînement. Il explique à Naruto le principe de concentration du chakra et ainsi crée un courant puissant. Celui-ci doit être capable d'éclater le ballon d'eau qu'il tient dans la paume de sa main. Naruto s'entraîne alors jour après jour pour éclater la balle, mais sans succès. En allant aux toilettes, il voit un chat jouer avec le ballon plein d'eau et le faire éclater. Il comprend alors qu'il doit créer un courant aléatoire et discontinu avec ses deux mains. Jiraya est épaté de voir comment Naruto a réussi la première étape.

La deuxième étape
Naruto est tout excité de commencer la suite de l'entraînement. Mais Jiraya lui donne le même objectif mais cette fois avec une balle en caoutchouc remplie d'air. Naruto un peu déçu commence ce qu'il a appris pour exploser le ballon d'eau. Mais c'est sans effet sur cette balle. Il essaye jour et nuit, jusqu'à épuisement. Il est de plus en plus découragé, surtout quand Jiraya lui dis que Yondaine a mis 3 ans pour maîtriser complètement cette technique. Il finit par concentrer suffisamment son chakra pour percer la balle. Jiraya arrive alors et lui donne un dernier conseil pour réussir cette étape. Il lui dessine une spirale dans la main pour que Naruto concentre son chakra exclusivement sur cette marque. Jiraya part alors en ville continuer ses recherches. Naruto a du mal, et repense aux enseignements d’Iruka. Il se rend compte alors que s'il avait plus écouté à l'académie, il s'en sortirait beaucoup mieux.

De son côté, Orochimaru souffre de plus en plus aux bras, et décide d'aller voir Tsunade pour se faire soigner. Avec Kabuto, ils entament le voyage pour retrouver Tsunade. Orochimaru maudit jour après jour Sarutobi pour ce qu'il lui a fait.

Naruto, n'y arrivant toujours pas, transforme la spirale en signe de Konoha. Et laisse tout son chakra aller sur la marque. Il concentre tellement son chakra, que la balle est complètement désintégrée. Jiraya est vraiment content d'avoir un élève si puissant.

Tsunade a un mauvais pressentiment et veut quitter la ville. Shizune, son élève, veut quand même voir le temple touristique de la ville avant de partir. Les deux femmes arrivent devant le temple, mais celui-ci s'effondre tout à coup. La fumée se disperse, et laisse apparaître Orochimaru et Kabuto sur leur serpent géant.